Una denuncia reproducida por el diario La República pone nuevamente en el ojo de la tormenta al contralor. De acuerdo al diario, Edgar Alarcón habría plagiado su tesis profesional para obtener su título de contador público en la universidad nacional de San Agustín.
La monografía presentada por Alarcón en dicha universidad en el año 2000, no era otra cosa que una copia de documentos con los que fue capacitado en 1998 en la Escuela Nacional de Control. El trabajo académico fue titulado “Sistema integrado modelo de administración financiera sector gubernamental aplicación en el Perú”.
El trabajo, según el diario, no cuenta con ningún pie de página cita textual o referencia, pero sí aparecen extractos textuales del material utilizado en las capacitaciones que tomó Edgar Alarcón, y cuya autoría le correspondería a Carmen Zuloeta.
A través de un comunicado, la Contraloría negó lo denunciado por La República. En el primer punto se niega no solo el plagio, sino la elaboración de una tesis académica, asegurando que la modalidad utilizada para obtener el título profesional fue de trabajo informe. En el comunicado se lee además, que en el informe periodístico nunca se utiliza la palabra plagio.